Lysogenized phages of methanotrophic bacteria show a broad and untapped genetic diversity
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Methanotrophs are a unique class of bacteria with the ability to metabolize single-carbon compounds such as methane. They play an important role in the global methane cycle and have great potential as industrial platforms for the bioconversion of methane from industrial waste streams into valuable products, such as biofuels and bioplastics. However, many aspects of methanotroph biology have yet to be elucidated, including the prevalence and impact of lysogenized bacteriophages (phages), which can greatly affect both the ecology and the industrial performance of these bacteria. The present study investigates the presence of putative prophages in three gammaproteobacterial ( Methylobacter marinus A45, Methylomicrobium album BG8, Methylomonas denitrificans FJG1) and two alphaproteobacterial ( Methylosinus trichosporium OB3b, Methylocystis sp. Rockwell) methanotrophs using four programs predicting putative phage sequences (PhageBoost, PHASTER, Phigaro, and Island Viewer). Mitomycin C was used to trigger induction of prophages, which was monitored through infection dynamics. Successfully induced phages from M. marinus A45 (MirA1, MirA2), M. album BG8 (MirB1), and M. trichosporium OB3b (MirO1) were isolated and characterized using transmission electron microscopy. Subsequently, bioinformatic analyses (BLAST and phylogenetics) were performed on three induced phages to obtain a profile of their respective genetic makeup. Their broad diversity and differences from previously known phages, based on whole genome and structural gene sequences, suggest they each represent a new phage family, genus and species: “ Britesideviridae Inducovirus miraone ”, “ Patronusviridae Enigmavirus miratwo ”, and “ Kainiviridae Tripudiumvirus miroone ” represented by isolates MirA1, MirA2, and MirO1, respectively.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».