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Enregistrement W4293187663 · doi:10.26434/chemrxiv-2022-bj274

Identification and Utilization of a Chemical Probe to Interrogate the Roles of PIKfyve in the Lifecycle of β-Coronaviruses

2022· preprint· en· W4293187663 sur OpenAlexafffund
David H. Drewry, Frances Potjewyd, Jeffrey L. Smith, Rebekah J. Dickmander, Armin Bayati, Stefanie Howell, Sharon Taft-Benz, Mohammad Anwar Hossain, Mark T. Heise, Peter S. McPherson, Nathaniel J. Moorman, Alison D. Axtman

Notice bibliographique

RevueChemRxiv · 2022
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueSARS-CoV-2 and COVID-19 Research
Établissements canadiensMcGill University
Organismes subventionnairesNational Institute of Diabetes and Digestive and Kidney DiseasesGenentechNational Institutes of HealthMinistero dello Sviluppo EconomicoGenome CanadaFundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São PauloOntario Ministry of Economic Development and InnovationEuropean Federation of Pharmaceutical Industries and AssociationsMerck KGaANovartis PharmaNorth Carolina Biotechnology CenterPfizer
Mots-clésKinomeCell biologyBiologyChemical biologyBiochemistryChemistryAntimycobacterialKinase

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

From a designed library of indolyl pyrimidinamines we identified a highly potent and cell-active chemical probe (analog 17) that inhibits phosphatidylinositol-3-phosphate 5-kinase (PIKfyve). Comprehensive evaluation of inhibitor selectivity confirmed that this PIKfyve probe demonstrates excellent kinome-wide selectivity. A structurally related indolyl pyrimidinamine (analog 30) was characterized as a suitable negative control analog that lacks PIKfyve inhibitory activity and exhibits exquisite selectivity when profiled against the screenable human kinome. Our chemical probe disrupts multiple phases of the life cycle of β-coronaviruses. We observed potent inhibition of viral replication, reduced viral entry, and impacts on a mediator of viral transmission (lysosomes). Our scaffold is a distinct chemotype versus published PIKfyve inhibitors and lacks the canonical morpholine hinge-binder of classical lipid kinase inhibitors. Our chemical probe set can be used by the community to characterize the role of PIKfyve in virology and beyond.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,031
Score d'incertitude au seuil0,285

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,093
Tête enseignante GPT0,392
Écart entre enseignants0,299 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2022
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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