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Enregistrement W4322153997 · doi:10.1016/j.omtm.2023.02.013

Packaging cells for lentiviral vectors generated using the cumate and coumermycin gene induction systems and nanowell single-cell cloning

2023· article· en· W4322153997 sur OpenAlexafffund
Sophie Broussau, Viktoria Lytvyn, Mélanie Simoneau, Claire Guilbault, Mélanie Leclerc, Nazila Nazemi-Moghaddam, Nathalie Coulombe, Seyyed Mehdy Elahi, Scott McComb, Rénald Gilbert

Notice bibliographique

RevueMolecular Therapy — Methods & Clinical Development · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueVirus-based gene therapy research
Établissements canadiensMcGill UniversityUniversité LavalUniversity of OttawaNational Research Council Canada
Organismes subventionnairesNational Research Council Canada
Mots-clésCloning (programming)Computational biologyBiologyViral vectorCell biologyGeneGeneticsComputer scienceRecombinant DNA

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Lentiviral vectors (LVs) are important for cell therapy because of their capacity to stably modify the genome after integration. This study describes a novel and relatively simple approach to generate packaging cells and producer clones for self-inactivating (SIN) LVs pseudotyped with the vesicular stomatitis virus glycoprotein (VSV-G). A novel gene regulation system, based on the combination of the cumate and coumermycin induction systems, was developed to ensure tight control for the expression of cytotoxic packaging elements. To accelerate clone isolation and ensure monoclonality, the packaging genes were transfected simultaneously into human embryonic kidney cells (293SF-3F6) previously engineered with the induction system, and clones were isolated after limiting dilution into nanowell arrays using a robotic cell picking instrument with scanning capability. The method's effectiveness to isolate colonies derived from single cells was demonstrated using mixed populations of cells labeled with two different fluorescent markers. Because the recipient cell line grew in suspension culture, and all the procedures were performed without serum, the resulting clones were readily adaptable to serum-free suspension culture. The best producer clone produced LVs expressing GFP at a titer of 2.3 × 10 8 transduction units (TU)/mL in the culture medium under batch mode without concentration.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,009

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,002

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,144
Tête enseignante GPT0,429
Écart entre enseignants0,285 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations14
Publié2023
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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