Retrospective testing for the presence of monkeypox virus in a high-risk population from February–June 2022 in Alberta, Canada
Notice bibliographique
Résumé
Background: A multi-country outbreak of monkeypox virus (MPXV) infections was identified by the World Health Organization in May 2022. The western Canadian province of Alberta identified its first case of MPXV in a returning traveller on June 2, 2022. We undertook a retrospective testing exercise to evaluate whether MPXV may have been circulating in the province earlier. Methods: Skin (genital and non-genital) and mucosal lesion swabs submitted for herpes simplex virus (HSV)/varicella zoster virus (VZV)/syphilis testing from male patients attending sexually-transmitted infection clinics across the province of Alberta from January 28 to May 30, 2022 were retrieved from storage. The population tested was selected based on the epidemiology of the current 2022 multi-country MPXV outbreak. Samples underwent viral nucleic acid extraction and testing for the presence of Orthopoxvirus DNA using a commercial real-time polymerase chain reaction (PCR) kit. Results: A total of 392 samples (representing 341 unique individuals of median age 31 years) were retrieved. Of them, 349 (89.0%) samples were submitted for HSV/VZV/syphilis testing, 13 (3.3%) for HSV/VZV only, and 30 (7.7%) for syphilis PCR only. None of the 392 samples tested were found to be positive for Orthopoxvirus DNA. Conclusions: The results of this study indicate that circulation of MPXV in a higher-risk population in Alberta, prior to the first case, was less likely. We recommend that other provinces/territories review their local epidemiology, context and resources prior to conducting similar studies.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».