Bradyrhizobium ontarionense sp. nov. isolated from Aeschynomene indica (Indian jointvetch) harbours photosynthesis, nitrogen fixation and nitrous oxide reductase genes.
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Bacterial strain A19T was previously isolated from a root-nodule of Aeschynomene indica (Indian jointvetch) and assigned to a new lineage in the genus Bradyrhizobium. Here data are presented for the detailed phylogenomic and taxonomic characterisation of strain A19T. Phylogenetic analysis of whole genome sequences as well as 51 concatenated core gene sequences placed strain A19T in a highly supported lineage that was distinct from described Bradyrhizobium species; B. oligotrophicum, a symbiont of A. indica, was the most closely related species. The digital DNA-DNA hybridization and average nucleotide identity values for strain A19T in pair-wise comparisons with close relatives were far lower than the respective threshold values of 70% and ~96% for definition of species boundaries. The complete genome of strain A19T consists of a single 8.44 Mbp chromosome (DNA G+C content, 64.9 mol%) and contains a photosynthesis gene cluster, nitrogen-fixation genes and genes encoding a complete denitrifying enzyme system including nitrous oxide reductase. Nodulation and type III secretion system genes, needed for nodulation by most rhizobia, were not detected in the genome of A19T. Data for multiple phenotypic tests complemented the sequence-based analyses. Strain A19T elicits nitrogen-fixing nodules on stems and roots of A. indica plants but not on soybeans or Macroptilium atropurpureum. Based on the data presented, a new species named Bradyrhizobium ontarionense sp. nov. is proposed with strain A19T (= LMG 32638T = HAMBI 3761T ) as the type strain.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».