Unbiased Proteomics Analysis Shows Distinct Graft Protein Expression in Donor-Specific Antibodies (DSA+) Kidney Transplant Recipients with Antibody-Mediated Rejection
Notice bibliographique
Résumé
Background: Nearly 1,000,000 North Americans have end-stage renal disease (ESRD), where the kidneys no longer function. Transplantation is the best treatment for ESRD; however, 50% of grafts fail by 10 years, due mainly to antibody-mediated rejection (ABMR), where recipient donor-specific antibodies (DSA) are thought to drive tissue injury. Unfortunately, predicting ABMR onset is challenging, as 30-60% of DSA+ transplant patients do not develop ABMR. We aim to identify factors that regulate kidney protein expression in DSA+ kidney transplant recipients with and without ABMR. Methods: Glomeruli and tubulointerstitium isolated from DSA+ABMR (n=24) and DSA+ no ABMR (NA; n=21) kidney biopsies using laser capture microdissection were digested to peptides and analyzed by liquid chromatography mass spectrometry. MaxQuant and Perseus software were used to assess protein identification and differential expression. Significantly differentially expressed proteins (t-test, p<0.05) were then mapped to signaling pathways using the pathDIP database (FDR with Benjamini Hochberg adjustment, q<0.05). Results: 120 glomerular and 246 tubulointerstitial proteins were significantly differentially expressed between DSA+ABMR and DSA+NA patients, with 55% of these proteins upregulated in ABMR (Figure 1). pathDIP analysis showed that upregulated proteins mapped significantly to pathways involving the immune system (glomeruli, q=7.6e-8; tubulointerstitium, q=3.8e-11), antigen processing (glomeruli, q=5.6e-11) and integrin activity (tubulointerstitium, q=1.0e-8), while downregulated proteins mapped to tight junction regulation (glomeruli, q= 1.0e-3) and cellular metabolism (tubulointerstitium, q=1.8e-9).Fig1.: Differentially expressed (p<0.05) proteins in the glomeruli (left) and tubulointerstitium (right) of DSA+ kidney transplant recipients with vs without ABMR.Conclusions: Our preliminary results suggest that ABMR in DSA+ patients is strongly linked to dysregulated immune and cellular responses in multiple kidney tissues. These findings will ultimately help us identify novel targets for the development of therapeutics for kidney transplant recipients. Funding: Government Support - Non-U.S.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».