Metagenomic profiling of nasopharyngeal samples from adults with acute respiratory infection
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Respiratory infections are a leading cause of morbidity and mortality worldwide, with a significant proportion thought to have a viral aetiology. Traditional diagnostic approaches often rely on targeted assays for “common” respiratory pathogens, leaving a substantial fraction of infections unidentified. Here, we used metagenomic next generation sequencing (mNGS) to characterize the nasopharyngeal virome associated with acute respiratory infection (ARI), with and without a positive PCR test result for a panel of common respiratory viruses. Methods Nasopharyngeal swabs from symptomatic outpatients (n=49), of whom 32 tested positive by a multiplex viral PCR, and asymptomatic controls (n=4) were characterized by mNGS. The virome taxa were stratified into human, non-human eukaryotic host, and bacteriophage sub-groups. We used a phage host classification as a proxy to establish bacterial taxa present in the nasopharynx. We then compared the virome biodiversity and presence of pathogens with known respiratory effects across the participant sub-groups. Results The nasopharyngeal virome exhibited similar diversity across the PCR-positive and - negative subsets. Among the top ARI-associated human viruses were enterovirus (16.3%, human rhinovirus, HRV-A), roseolovirus (14.3%, human betaherpesvirus 7, HBV-7) and lymphocryptovirus (8.16%, Epstein-Barr virus, EBV). The top three ARI-associated phage hosts were Streptococcus spp (32.7%), Pseudomonas aeruginosa (24.5%) and Burkholderia spp. (20.4%). The virome of both asymptomatic and symptomatic subjects was also abundant in the Staphylococcus (60.4%) and Propionibacterium (Cutibacterium) acnes bacteriophages (90.6%). The PCR and mNGS results were relatively concordant for human rhinovirus (HRV), but not for other PCR panel targets, including human parainfluenza (HPIV), adenovirus (HAdV), bocavirus (BoV) and seasonal coronavirus (HCoV). Conclusions mNGS revealed a high diversity of pathogens that could be cause to respiratory symptomatology, either as a single infection or a co-infection between viral and bacterial species. The clinical significance of the mNGS versus multiplex PCR findings warrants further investigation.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».