Novel risk loci in LGI1-antibody encephalitis: genome-wide association study discovery and validation cohorts
Notice bibliographique
Résumé
Encephalitis with antibodies to leucine-rich glioma-inactivated 1 (LGI1-Ab-E) is a common form of autoimmune encephalitis, presenting with seizures and neuropsychiatric changes, predominantly in older males. More than 90% of patients carry the human leukocyte antigen (HLA) class II allele, HLA-DRB1*07:01. However, this is also present in 25% of healthy controls. Therefore, we hypothesized the presence of additional genetic predispositions. In this genome-wide association study and meta-analysis, we studied a discovery cohort of 131 French LGI1-Ab-E and a validation cohort of 126 American, British and Irish LGI1-Ab-E patients, ancestry-matched to 2613 and 2538 European controls, respectively. Outside the known major HLA signal, we found two single nucleotide polymorphisms at genome-wide significance (P < 5 × 10-8), implicating PTPRD, a protein tyrosine phosphatase, and LINC00670, a non-protein coding RNA gene. Meta-analysis defined four additional non-HLA loci, including the protein coding COBL gene. Polygenic risk scores with and without HLA variants proposed a contribution of non-HLA loci. In silico network analyses suggested LGI1 and PTPRD-mediated interactions via the established receptors of LGI1, ADAM22 and ADAM23. Our results identify new genetic loci in LGI1-Ab-E. These findings present opportunities for mechanistic studies and offer potential markers of susceptibility, prognostics and therapeutic responses.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».