Primary Central Nervous System Lymphoma Tumor Biopsies Show Heterogeneity in Gene Expression Profiles and Genetic Subtypes
Notice bibliographique
Résumé
Background: Primary central nervous system lymphoma (PCNSL) is clinically challenging due to its location and small biopsy size, leading to a lack of comprehensive molecular and biologic description. We previously demonstrated that 91% of PCNSL belong to the activated B-cell-like (ABC) molecular subtype of diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL). Methods: Here we investigated the expression of 739 cancer related genes in HIV(-) patients in 25 ABC-PCNSL and 43 ABC-systemic DLBCL, all tumors were EBV(-). Results: We found 135 genes which were identified as differentially expressed between these ABC-PCNSL and ABC-systemic DLBCL (p<0.05). The ABC-PCNSL showed higher gene expression in several cancer-related gene sets including genes related to Hedgehog, DNA damage repair, Wnt and MAPK signaling. Whole exome sequencing showed distinct genetic features of PCNSL compared to DLBCL, CXCR4 mutations in particular, that have been associated with ibrutinib resistance. In a focused analysis, PCNSL and DLBCL cases that fall into the "MCD" genetic subtype showed substantial overlap. These data provide detailed information about unique characteristics of PCNSL in HIV(-) patients as compared to comparable DLBCL subtypes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».