Proteomic analysis of the Treponema pallidum subsp. pallidum SS14 strain: coverage and comparison with the Nichols strain proteome
Notice bibliographique
Résumé
Introduction: , group into one of two deep-branching clades: the Nichols clade or the globally dominant Street Strain 14 (SS14) clade. To date, in-depth proteome-wide analyses have focused on Nichols clade strains. Methods: SS14 clade reference strain (SS14) proteome was characterized via protein detection and quantification analyses using mass spectrometry, and comparison was made to the Nichols clade reference strain (Nichols) proteome. Results: SS14 were detected and quantitated, allowing confirmation of expression of 259 proteins for the first time in this strain, including 11 known/putative outer membrane proteins (OMPs). SS14 and Nichols proteome comparative analyses demonstrated similar protein expression/quantification profiles between the two strains, and showed that inter-strain amino acid sequence differences are located primarily within predicted surface-exposed regions in 16 known/putative OMPs. Discussion: SS14 and Nichols strains. The findings inform syphilis vaccine design by confirming the expression of known/predicted OMP vaccine candidates in SS14 treponemes, and via the finding that most inter-strain variable residues found in OMPs are predicted to be located in surface-exposed, host-facing regions of these proteins.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».