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Enregistrement W4406178968 · doi:10.7554/elife.102879

Identification of neurodevelopmental organization of the cell populations of juvenile Huntington’s disease using dorso-ventral HD organoids and HD mouse embryos

2025· preprint· en· W4406178968 sur OpenAlexaff
Karolina Świtońska-Kurkowska, Jakub Kubiś, Joanna Delimata-Raczek, Bart Krist, Magda Surdyka, Żaneta Kalinowska-Pośka, Piotr Piasecki, Luiza Handschuh, Jan Podkowiński, Magdalena Rakoczy, Anna Samelak-Czajka, Michael R. Hayden, Nicholas S. Caron, Maciej Figiel

Notice bibliographique

RevueeLife · 2025
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiquePluripotent Stem Cells Research
Établissements canadiensUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésOrganoidHuntington's diseaseBiologyJuvenileEmbryoIdentification (biology)DiseaseNeuroscienceEmbryonic stem cellGeneticsPathologyMedicineGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Huntington’s disease (HD) is a polyglutamine neurodegenerative disease involving pathogenesis within the striatum and cerebral cortex and a neurodevelopmental component, particularly in juvenile HD form (JOHD). We established a fused HD dorsal-ventral system, imitating the cortex and striatum interaction in a single organoid to discover neurodevelopmental impairments at the level of cell populations. We found a range of early pathogenic phenotypes indicating that brain development in HD is affected by impaired neurogenesis. The phenotypes occurred already in early-stage 60-day organoids and the brain of humanized mouse embryos, at time of the beginning of the neurogenesis and choroid plexus development. We demonstrated that HD organoids and HD mouse embryonic brains had gene expression profiles of impaired maturation of neurons and increased expression of genes responsible for proliferation compared to genes responsible for differentiation in control organoids. By using scRNA-seq, the choroid plexus population was highly abundant in HD organoids and embryonic brains. Cortical and choroid plexus cell populations in HD organoids and brains co-expressed genes responsible for HTT function (mitotic spindle and cilia). The impaired maturation and the increased occurrence of the choroid plexus populations were mitigated in our compensatory model, mosaic dorsal/ventral (D/V) or V/D HD/control organoids. Finally, we found that TTR protein, a choroid plexus marker, is elevated in the adult HD mouse serum, indicating that TTR may be a promising marker for detecting HD. In summary, the fused dorso-ventral HD organoids identify a spectrum of neurodevelopmental features, including increased proliferation and delayed cell maturation. We demonstrate that the choroid plexus population is characteristic of aberrant HD neurodevelopment, and contains TTR marker, which can be translated as a blood marker in HD.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,003

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,015
Tête enseignante GPT0,266
Écart entre enseignants0,251 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2025
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Résumé présentoui

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