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Enregistrement W4408391075 · doi:10.1101/2025.03.11.641786

Multimodal brain cell atlas across the adult macaque lifespan

2025· preprint· en· W4408391075 sur OpenAlexaff
Xiao Zhang, Guangyao Lai, Xiangyu Guo, Wen Ma, Yue Yuan, Han Zhang, Peng Fan, Xingyuan Liu, Pengcheng Guo, Juan An, Jinxiu Li, Keke Huang, Jing Zuo, Liang Wu, Shuncheng Shangguan, Feng Yu, Yuchen Xiang, Yuanliang Hu, Yun-Ting Huang, Yi-Ting Lin, Dajian He, Mingtian Pan, Laiqiang Chen, Bang Li, Weili Yang, Peng Yin, Shihua Li, Xiaolan Zhang, Tao Yang, Jing Chen, Qiaoling Zhong, Yuan Lv, Baoming Qin, Xiaobing Qing, Qiuting Deng, Yaling Huang, Chang Liu, Lei Han, Shiping Liu, Dajiang Qin, Zhen Liu, Yi Zhou, Liang Qiao, Chengyu Li, Yi Zhang, Giacomo Volpe, Simon Graf, Ian Ferenc Diks, Matthias Flotho, Rafal P. Krol, Jan Mulder, Andrew P. Hutchins, Andreas Keller, Patrick H. Maxwell, David C. Rubinsztein, Xiaolei Liu, Hung‐Fat Tse, Mu‐ming Poo, Bo Wang, Longqi Liu, Ying Gu, Jun Xie, Xun Xu, Xiaojiang Li, Yiwei Lai, Mingyuan Liu, Miguel A. Esteban

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2025
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueSingle-cell and spatial transcriptomics
Établissements canadiensHealth Research Foundation
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésMacaqueAtlas (anatomy)NeuroscienceBrain atlasBrain CellBiologyAnatomy

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

SUMMARY High-throughput single-cell omics of non-human primate tissues present a remarkable opportunity to study primate brain aging. Here, we introduce a transcriptomic and chromatin accessibility landscape of 1,985,317 cells from eight brain regions of 13 cynomolgus female monkeys spanning adult lifespan including exceptionally old individuals up to 29-years old. This dataset uncovers dynamic molecular changes in critical brain functions such as synaptic communication and axon myelination, exhibiting a high degree of cell type and brain region specificity. We identify the multicellular networks of the pons and medulla as a previously unrecognized hotspot for aging. Furthermore, comparative analyses with human neurodegeneration datasets highlight both shared and distinct mechanisms contributing to aging and disease. In addition, we uncover transcription factors implicated in monkey brain aging and pinpoint aging-regulated loci linked to longevity and neurodegeneration. This spatiotemporal atlas will advance our understanding of primate brain aging and its broader implications for health and disease.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,041
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,008
Tête enseignante GPT0,225
Écart entre enseignants0,217 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2025
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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