Structural Studies of an F-plasmid Protein TraW
Notice bibliographique
Résumé
The process of bacterial conjugation, often referred to as lateral gene transfer, is a crucial process in the evolution of bacteria for growth in unique environments and is a main route for the development of multi-drug resistant bacteria in health care settings. Bacterial conjugation is a contact dependent mechanism of transferring genetic material from a donor to a recipient cell, one which can be achieved through the type IV secretion system (T4SS). The transfer of mobile DNA elements like virulence factors, genes for antibiotic resistance as well as many others are achieved through this conjugative system. This multiprotein complex spans both the inner and outer membrane of gram-negative and gram-positive bacteria and as well as some archaea. The T4SS is capable of producing many different pili that are thin and flexible and able to extend to neighbouring cells and retract drawing them in closer to achieve conjugation. There are many proteins involved in this process, one being TraW which plays a role in pilus assembly and is specific to the F plasmid from Escherichia coli, an important conjugative plasmid. Mutations in traW have shown to abolish the ability of cells to form extended F pili. It has also been shown that the N-terminal domain of TraW interacts with the C-terminal domain of TrbC and that this interaction is essential for conjugative DNA transfer to occur. The removal of just 9 amino acids from the N-terminal region of TraW significantly reduces conjugation while removing the first 19 completely inhibits conjugation from occurring. Alphafold predicts the first 50 amino acids of TraW to be disordered and so by removing this flexible portion needed to bind TrbC the resulted protein is much more stable, Δ51-212TraW. Here we show comparative structural studies between the wild-type TraW and the mutated form and ultimately, we present the SAXS bead model of Δ51-212TraW.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».