Replication of a GWAS signal near HLA-DQA2 with AML using a disease-only cohort and external population-based controls
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Acute myeloid leukemia (AML) is the most common type of acute leukemia in adults. Genome-wide association studies (GWAS) have identified four common inherited variants associated with AML risk, but these findings have not yet been confirmed in many independent datasets. Here, we performed a replication study with 567 AML cases from the Leucegene cohort and 1,865 controls from the population-based cohort CARTaGENE (CaG). Because genotypes were generated using different technologies in the two datasets (e.g. low- vs. high-coverage whole-genome sequencing), we applied stringent quality-control filters to minimize type I errors. We showed using data reduction methods (e.g. principal component analysis [PCA] and uniform manifold approximation and projection [UMAP]) that our approach successfully integrated the Leucegene and CaG genetic data. We replicated the association between cytogenetically normal (CN)-AML and rs3916765, a variant located near HLA-DQA2 (odds ratio [95% confidence interval] = 1.96 [1.26-3.06], P-value=0.003). The effect size of this association was stronger when we restricted the analyses to AML patients with NPM1 mutations (odds ratios >2.25). We also found that rs3916765 is a whole-blood expression quantitative trait locus (eQTL) for HLA-DOB (P-value=1.05x10 -14 ) and HLA-DQA2 (P-value=2.23x10 -4 ). Our results confirm that a common genetic variant at the HLA locus associates with AML risk and the expression of HLA class II genes, providing new opportunities to improve disease prognosis and treatment.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».