Urbanization and the Gut Microbiome: Insights From the Anna’s Hummingbird (<i>Calypte anna</i>) in California
Notice bibliographique
Résumé
Complex environmental characteristics shape the gut microbiome of wildlife with critical implications for host health, pathogen resistance, digestion, and overall fitness. While foundational avian microbiome research has focused mainly on domestic birds and poultry due to their proximity to humans and the associated zoonotic risks from imbalanced microbiomes, studying the gut microbiome of wild birds is also essential. Wild birds fill important roles in their habitats-serving as critical pollinators and bioindicators of ecosystem health. Despite this, their gut microbiomes remain less explored, particularly concerning how urbanization affects microbiome composition and diversity, which may provide insight into the health of birds in urban habitats. This study investigates the gut microbiome of the Anna's Hummingbird (Calypte anna), a species that thrives in urban and rural environments across the West Coast. We amplified the V1-V3 region of bacterial 16S rRNA extracted from fecal samples and used the QIIME2 platform to characterize bacterial communities. By analyzing bacterial communities from birds sampled across a range of anthropogenically altered locations, we explore correlations between microbiome composition and habitat characteristics (artificial light at night, human density, air pollution, and % imperviousness). We show that air quality is an important driver of microbial diversity and offer insights into how the heterogeneity of urban landscapes impacts the microbiome composition of wild birds.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».