Telomere-to-telomere genome assembly of yellow-fruited allotetraploid American ginseng ( <i>Panax quinquefolius</i> L <i>.</i> ) provides insights into flavonoid biosynthesis
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Notice bibliographique
Résumé
L., commonly known as American ginseng, is a valuable beneficial medicinal herb renowned for its health-promoting properties and rich phytochemical profile. Despite significant progress in understanding ginsenoside biosynthesis, the genetic basis for flavonoid diversity in American ginseng remains unclear. This study reports the first telomere-to-telomere (T2T) genome assembly for yellow-fruited American ginseng cultivar 'Zhongnongyangshen No. 2'. The genome assembly, achieved using PacBio HiFi and Oxford Nanopore Technology ultra-long read technologies, offers a high-quality reference for genomic research, addressing previous gaps in structural accuracy. Combining transcriptomic and metabolomic analyses, we investigated flavonoid biosynthesis and the regulatory mechanisms underlying fruit color variation during different developmental stages of American ginseng. Our findings highlight the phylogenetic evolution of the American ginseng genome and offer new insights into the biosynthetic pathways of anthocyanins and flavonols. This comprehensive genomic resource facilitates deeper exploration of flavonoid diversity, supports genetic improvement efforts, and enhances the potential for future applications in medicinal plant research.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,006 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle