Investigating the cell of origin and novel molecular targets in Merkel cell carcinoma: a historic misnomer
Notice bibliographique
Résumé
Merkel cell carcinoma (MCC) is a highly aggressive disease with the poorest prognosis among skin cancers, originally posited to be derived from Merkel cells. Emerging evidence, however, suggests other potential origins for MCC, including hematological lineages. We utilized targeted and multi-omics approaches to explore gene expression patterns at protein and RNA levels of MCCs. Western blotting, immunofluorescence, and immunohistochemistry were performed using fresh and 92 FFPE samples of primary and metastatic MCC, and two MCC cell lines (MS-1, HaCaT). RNA sequencing of selected FFPE samples identified differentially expressed genes based on sex and Merkel cell polyomavirus (MCPyV) status. Finally, weighted gene correlation network analysis (WGCNA) and cell type enrichment analyses were employed to determine pathway and cell type enrichment, respectively. MCC patient samples heterogeneously expressed B-cell and neuroendocrine markers and novel molecular targets including BCMA, CD10, CD93, PAX5, TdT, IgA, and CD19. Transcriptome analysis demonstrated differentially expressed genes based on sex and MCPyV status. MCPyV+ tumors had significant upregulation of genes involved in immune cell function and downregulation of processes related to neuronal activity. WGCNA highlighted enrichment for pathways involved in immune function, including B-cell differentiation. Cell type enrichment analysis highlighted enrichment for multipotent stem cells, several immune cell types, and keratinocytes. Our findings support previous studies which confirm that MCC is unlikely to be derived from Merkel cells and instead from multiple or divergent cell types, including those of B-cell lineage. Our work highlights the need for a more personalized approach to diagnosis/characterization and treatment of MCCs, given the documented variability of novel potentially targetable pathways.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».