The phenotypic variation of <i>widefins</i> medaka is due to the insertion of a giant transposon containing a viral genome within the hoxca cluster
Notice bibliographique
Résumé
Phenotypic variation in species arises from genetic differences and environmental influences on gene expression. Differences in epigenetic modifications, such as histone modifications and DNA methylation, can also contribute to phenotypic variations, even among individuals with identical genetic information. However, the underlying molecular mechanisms are not yet fully understood, particularly in vertebrates. The number of fin rays in teleosts, such as medaka, serves as a useful model for studying this variation. In a previous study, we demonstrated that the teleost Hox code plays a crucial role in determining the anterior-posterior identity necessary for the formation of dorsal and anal fins. In this study, we investigated widefins medaka, a spontaneous mutant displaying phenotypic variation in the number of dorsal and anal fin rays. Long-read whole-genome sequencing revealed that an extremely large transposon, Teratorn, containing a herpesvirus genome, was inserted into the hoxc12a 3'-UTR. This insertion decreased hoxc12a expression and, in some cases, also affected neighboring hox genes, resulting in variations in fin size and the presence or absence of dorsal fins. Additionally, hoxc6a, located 50 kb away from the insertion, was also downregulated in widefins medaka. These findings suggest that this large transposon insertion leads to a reduction in nearby hox gene expression, contributing to the phenotypic variation observed in widefins medaka. These results highlight the role of transposable elements and epigenetic regulation in generating phenotypic diversity in vertebrates.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».