LINE1 elements are hijacking by genetic and epigenetic variation drives metastatic prostate cancer
Notice bibliographique
Résumé
This capsule integrates processed ATAC-seq, RNA-seq, WGS and HiC to identify enrichment of transposable elements in accessible chromatin and their activation as regulatory elements bound by oncogenic transcription factors. Abstract Prostate cancer remains a fatal disease for patients who progress to metastatic castration-resistant prostate cancer (mCRPC) after first-line curative-intent therapies. While genetic subtypes are reported for mCRPCs, recent evidence points to non-genetic variants within the repetitive genome as critical drivers of prostate tumor development. Integrating chromatin accessibility, whole-genome sequencing, and Hi-C-based genome topology data from the West coast dream team (WCDT) mCRPC cohort, we identify four mCRPC subgroups characterized by chromatin variants over the repetitive genome revealing hijacking of transposable elements. Among these, the LINE1+ subgroup representing 20% of the samples is characterized by clusters of LINE1 transposable elements flanking the androgen receptor (AR) gene that are co-amplified locally or in extrachromosomal circular DNA (ecDNA) and preferentially become accessible. The synchronicity of these non-genetic and genetic variants on LINE1 transposable elements leads to their co-option as binding sites for prostate-lineage transcription factors, including AR and its cofactors FOXA1, HOXB13, and GATA2. Accessible LINE1 elements create a subgroup-specific regulatory plexus to drive AR overexpression, conferring resistance to AR signaling inhibitors (ARSI). These findings establish the convergence of genetic and epigenetic variations affecting the repetitive genome as a defining feature of mCRPC classification, identifying LINE1+ mCRPCs as a mechanistically distinct and clinically refractory entity, and underscoring the pivotal role of transposable elements in shaping advanced prostate cancer biology.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».