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Enregistrement W6925378919 · doi:10.17863/cam.50374

Eleven grand challenges in single-cell data science.

2020· article· en· W6925378919 sur OpenAlexfundno aff

Notice bibliographique

RevueApollo (University of Cambridge) · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineEngineering
ThématiqueMechanics and Biomechanics Studies
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesInstitute of GeneticsNational Human Genome Research InstituteCancer Research UK Cambridge Institute, University of CambridgeHelmholtz Zentrum MünchenBC Cancer AgencyNational Health and Medical Research CouncilEngineering and Physical Sciences Research CouncilNational Institutes of HealthOncode InstituteBC Cancer FoundationTerry Fox Research InstituteI.M. Sechenov First Moscow State Medical UniversityAlan Turing InstituteSwiss Institute of BioinformaticsUniversität ZürichKlaus Tschira StiftungCycle for SurvivalRadboud Universitair Medisch CentrumUniversitair Medisch Centrum GroningenMedical Research CouncilLeids Universitair Medisch CentrumCanadian Institutes of Health ResearchDeutsche ForschungsgemeinschaftNederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk OnderzoekEidgenössische Technische Hochschule ZürichBundesministerium für Bildung und ForschungUniversität des SaarlandesInstitute for Research in BiomedicineTechnische Universiteit DelftUniversiteit UtrechtRijksuniversiteit GroningenDeutsche KrebshilfeUniversiteit LeidenSystemsX.chSchweizerischer Nationalfonds zur Förderung der Wissenschaftlichen ForschungCanadian Cancer Society Research InstituteMemorial Sloan-Kettering Cancer CenterWellcome TrustWageningen University and ResearchCancer Research UKRadboud UniversiteitBarcelona Institute of Science and TechnologyEuropean Molecular Biology LaboratoryDeutsches KrebsforschungszentrumUniversiteit van AmsterdamGeorgia State UniversitySilicon Valley Community FoundationPrinceton UniversityJohns Hopkins UniversityBroad InstituteUniversität Duisburg-EssenUniversity of ConnecticutNational Science FoundationMassachusetts General HospitalImperial College London
Mots-clésNucleofectionGestational periodTSG101DysgeusiaLiquationDiafiltrationEmperipolesisDurvalumabFusible alloy

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The recent boom in microfluidics and combinatorial indexing strategies, combined with low sequencing costs, has empowered single-cell sequencing technology. Thousands-or even millions-of cells analyzed in a single experiment amount to a data revolution in single-cell biology and pose unique data science problems. Here, we outline eleven challenges that will be central to bringing this emerging field of single-cell data science forward. For each challenge, we highlight motivating research questions, review prior work, and formulate open problems. This compendium is for established researchers, newcomers, and students alike, highlighting interesting and rewarding problems for the coming years.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,748
Score d'incertitude au seuil0,456

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,085
Tête enseignante GPT0,199
Écart entre enseignants0,114 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2020
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