Highly pathogenic avian influenza (HPAI H5N1, clade 2.3.4.4b, genotype C2.1) in commercial ring-necked pheasants during the 2022 outbreak in the United States
Notice bibliographique
Résumé
Highly pathogenic avian influenza (HPAI) virus H5N1 clade 2.3.4.4b was introduced into North America in 2021. In 2022, clade 2.3.4.4b spilled into domestic poultry in the United States (U.S.), resulting in the largest HPAI outbreak in U.S. history. In December 2023, H5N1 2.3.4.4b was detected on an upland game bird farm in Pennsylvania. History, clinical signs, and gross lesions were suggestive of marble spleen disease. However, HPAI was identified by real-time reverse-transcriptase polymerase chain reaction; gene sequencing confirmed genotype C2.1 with phylodynamic analyses providing evidence of a wild bird introduction. Predictive mathematical modeling estimated the time of virus introduction onto the farm (15 days (95% C.I., 11-23) before the date of confirmed detection) being similar or longer than previously described for domestic poultry. Although bioexclusion measures were unable to prevent the initial exposure due to industry rearing practices, biocontainment procedures appeared to prevent spread. The lessons learned from this case may be important for other animal agriculture commodities, especially those species that are infrequently handled or observed and may have inaccurately calculated mortality levels. This well-characterized outbreak and other experiences with natural infection should be taken as opportunities to better understand the field dynamics of this virus.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».