Multi-locus phylogeny of <em>Bryoria</em> reveals recent diversification and unexpected diversity in section Divaricatae
Notice bibliographique
Résumé
We used information on six gene regions - three nuclear protein-coding markers (Mcm7, GAPDH and Tsr1), two nuclear ribosomal markers (ITS rDNA and IGS rDNA), and a partial mitochondrial small subunit (mtSSU rDNA) - to examine infrageneric relationships in the genus Bryoria (Parmeliaceae, Lecanoromycetes) and to assess species delimitation in Bryoria bicolor/B. tenuis group in section Divaricatae. Our phylogenetic analyses based on the combined data set of six gene loci support the monophyly of sections Americanae, Divaricatae and Implexae, while section Bryoria is polyphyletic and groups in two clades. Species from Bryoria clade 1 are placed in an emended section Americanae. Our study reveals that section Divaricatae is young (c. 5 My) and undergoing diversification especially in South East Asia and western North America. Separate phylogenetic analyses of section Divaricatae using ITS produced a topology congruent with the current species concept. However, the remaining gene regions produced poorly resolved phylogenetic trees and the different species delmitation methods also gnerated highly inconsistent resluts, congruent with other studies that highlight the difficulty of species delmitation in groups with recent and rapid radiation. Based on our results we describe the new species B. ahtiana sp. nov., characterized by its bicolorous, caespitose, widely divergent thallus, conspicuously thickening main stems, well developed secondary branches, and rather sparse third-order branchlets. Another new lineage, here referred to as B. tenuis s. lat., is restricted to western North America and may represent a new species recently diverged from B. tenuis s. str., though further work is needed.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».