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Enregistrement W7161992983 · doi:10.82308/27573

Investigation of the co-operativity of mutations in the mitogen-activated protein kinase (MAPK) pathway in cutaneous melanomas

2022· dissertation· en· W7161992983 sur OpenAlexaboutno aff
Shivshankari Rajkumar

Notice bibliographique

Revuenon disponible
Typedissertation
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueMelanoma and MAPK Pathways
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésKinaseMAPK/ERK pathwayProtein kinase AMutationNeuroblastoma RAS viral oncogene homologMutant

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

La voie de signalisation RAS-RAF-MEK-ERK de la protéine kinase activée par les mitogènes (MAPK) régule la croissance et la survie cellulaire. Le RAS actif s’associe avec les kinases RAF (A-,B-,C-), et les recrute à la membrane, favorisant la formation des homo- et des hétérodimères entre les membres de la même famille ou d'autres kinases. Cela mène ultérieurement à la phosphorylation et à l'activation des kinases MEK1/2 et ERK1/2 en aval. NF1 encode pour une protéine activant la RAS GTPase (RAS-GAP) qui régule négativement la voie de signalisation MAPK en facilitant l'hydrolyse du RAS-GTP actif en sa forme RAS-GDP inactive. Les mutations de la voie MAPK sont présentes dans le mélanome cutané. Les mutations activatrices BRAF (p.V600), NRAS (p.G12/G13/Q61) et mutations perte de fonction (LoF) dans la NF1 sont observées chez environ 50%, 25% et 15% des patients atteints de mélanome cutané, respectivement. BRAF p.V600E/K/R soient les mutations MAPK les plus fréquemment observées dans le mélanome cutané, environ 15% des patients présentent des mutations non-p.V600. Des études ont classé les différents mutants de BRAF en fonction de leurs propriétés biochimiques. Les mutations BRAF p.V600 de classe I ne nécessitent pas d'activation par RAS et se signalent en tant que monomères, tandis que les mutations BRAF non-p.V600 peuvent être en deux classes. Les mutants de classe II ont une activité kinase élevée et signalent sous forme de dimères indépendants de RAS, tandis que les mutants de classe III ont aucune activité kinase ou ont une faible activité kinase et signalent sous forme de dimères dépendants de RAS. Ainsi, les mutants de classe III coexistent avec des altérations génétiques qui activent le RAS, telles que la perte de NF1 ou des mutations activatrices du NRAS. Un nombre de schémas thérapeutiques d'inhibiteurs de BRAF/MEK combinés qui sont approuvés par la FDA, notamment l'encorafenib/binimetinib, produisent des avantages significatifs en termes de survie pour les patients atteints d'un mélanome avec une mutation BRAF p.V600. Malheureusement, les stratégies thérapeutiques ciblées pour les mélanomes BRAF non-p.V600, NRAS et NF1 mutants restent limitées.Dans cette thèse, je présente quatre nouveaux contributions de connaissances aux domaines de recherche sur le mélanome et la voie de signalisation MAPK. Tout d'abord, nous avons découvert, que la perte de NF1 apparait plus fréquemment avec les mutations BRAF de classe III non-p.V600 que prévu par hasard dans les échantillons de patients atteints de mélanome. Nous soupçonnons que cette preuve de pression de sélection pour la cooccurrence des mutations BRAF non-p.V600 de classe III et NF1 LoF est observée dans le mélanome parce que ce sont toutes deux des mutations MAPK faiblement activatrices. Deuxièmement, nous présentons des données que les mutants BRAF non-p.V600 peuvent signaler en tant que monomères et dimères dans un contexte de perte de NF1. Cette idée a contribué à notre troisième contribution sur le terrain. Les inhibiteurs de BRAF présentement approuvés par Santé Canada et la FDA qui sont utilisés pour traiter les patients avec mutations BRAF p.V600, classés comme inhibiteurs de type I1/2, peuvent cibler à la fois les mutants BRAF monomériques et dimériques à des doses plus élevées. Nous démontrons que les inhibiteurs de BRAF de type I1/2 en combinaison avec l'inhibition de MEK réduisent significativement la viabilité cellulaire et la croissance tumorale dans des modèles de xénogreffes de mélanomes mutants BRAF non-p.V600 et NF1 LoF concomitantes. Ces résultats appuient l'investigation future de ces inhibiteurs de MAPK déjà approuvés pour le traitement des mélanomes avec mutations BRAF non-p.V600 et NF1 LoF concomitantes. Quatrièmement, nous démontrons que les inhibiteurs pan-RAF de type II de nouvelle génération, dont certains sont actuellement en essais cliniques, réduisent considérablement la viabilité des lignées de mélanome BRAF non-p.V600, NRAS et NF1 mutant

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,006

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,014
Tête enseignante GPT0,248
Écart entre enseignants0,233 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2022
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Résumé présentoui

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