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Record W7161992983 · doi:10.82308/27573

Investigation of the co-operativity of mutations in the mitogen-activated protein kinase (MAPK) pathway in cutaneous melanomas

2022· dissertation· en· W7161992983 on OpenAlexaboutno aff
Shivshankari Rajkumar

Bibliographic record

Venuenot available
Typedissertation
Languageen
FieldBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
TopicMelanoma and MAPK Pathways
Canadian institutionsnot available
Fundersnot available
KeywordsKinaseMAPK/ERK pathwayProtein kinase AMutationNeuroblastoma RAS viral oncogene homologMutant

Abstract

fetched live from OpenAlex

La voie de signalisation RAS-RAF-MEK-ERK de la protéine kinase activée par les mitogènes (MAPK) régule la croissance et la survie cellulaire. Le RAS actif s’associe avec les kinases RAF (A-,B-,C-), et les recrute à la membrane, favorisant la formation des homo- et des hétérodimères entre les membres de la même famille ou d'autres kinases. Cela mène ultérieurement à la phosphorylation et à l'activation des kinases MEK1/2 et ERK1/2 en aval. NF1 encode pour une protéine activant la RAS GTPase (RAS-GAP) qui régule négativement la voie de signalisation MAPK en facilitant l'hydrolyse du RAS-GTP actif en sa forme RAS-GDP inactive. Les mutations de la voie MAPK sont présentes dans le mélanome cutané. Les mutations activatrices BRAF (p.V600), NRAS (p.G12/G13/Q61) et mutations perte de fonction (LoF) dans la NF1 sont observées chez environ 50%, 25% et 15% des patients atteints de mélanome cutané, respectivement. BRAF p.V600E/K/R soient les mutations MAPK les plus fréquemment observées dans le mélanome cutané, environ 15% des patients présentent des mutations non-p.V600. Des études ont classé les différents mutants de BRAF en fonction de leurs propriétés biochimiques. Les mutations BRAF p.V600 de classe I ne nécessitent pas d'activation par RAS et se signalent en tant que monomères, tandis que les mutations BRAF non-p.V600 peuvent être en deux classes. Les mutants de classe II ont une activité kinase élevée et signalent sous forme de dimères indépendants de RAS, tandis que les mutants de classe III ont aucune activité kinase ou ont une faible activité kinase et signalent sous forme de dimères dépendants de RAS. Ainsi, les mutants de classe III coexistent avec des altérations génétiques qui activent le RAS, telles que la perte de NF1 ou des mutations activatrices du NRAS. Un nombre de schémas thérapeutiques d'inhibiteurs de BRAF/MEK combinés qui sont approuvés par la FDA, notamment l'encorafenib/binimetinib, produisent des avantages significatifs en termes de survie pour les patients atteints d'un mélanome avec une mutation BRAF p.V600. Malheureusement, les stratégies thérapeutiques ciblées pour les mélanomes BRAF non-p.V600, NRAS et NF1 mutants restent limitées.Dans cette thèse, je présente quatre nouveaux contributions de connaissances aux domaines de recherche sur le mélanome et la voie de signalisation MAPK. Tout d'abord, nous avons découvert, que la perte de NF1 apparait plus fréquemment avec les mutations BRAF de classe III non-p.V600 que prévu par hasard dans les échantillons de patients atteints de mélanome. Nous soupçonnons que cette preuve de pression de sélection pour la cooccurrence des mutations BRAF non-p.V600 de classe III et NF1 LoF est observée dans le mélanome parce que ce sont toutes deux des mutations MAPK faiblement activatrices. Deuxièmement, nous présentons des données que les mutants BRAF non-p.V600 peuvent signaler en tant que monomères et dimères dans un contexte de perte de NF1. Cette idée a contribué à notre troisième contribution sur le terrain. Les inhibiteurs de BRAF présentement approuvés par Santé Canada et la FDA qui sont utilisés pour traiter les patients avec mutations BRAF p.V600, classés comme inhibiteurs de type I1/2, peuvent cibler à la fois les mutants BRAF monomériques et dimériques à des doses plus élevées. Nous démontrons que les inhibiteurs de BRAF de type I1/2 en combinaison avec l'inhibition de MEK réduisent significativement la viabilité cellulaire et la croissance tumorale dans des modèles de xénogreffes de mélanomes mutants BRAF non-p.V600 et NF1 LoF concomitantes. Ces résultats appuient l'investigation future de ces inhibiteurs de MAPK déjà approuvés pour le traitement des mélanomes avec mutations BRAF non-p.V600 et NF1 LoF concomitantes. Quatrièmement, nous démontrons que les inhibiteurs pan-RAF de type II de nouvelle génération, dont certains sont actuellement en essais cliniques, réduisent considérablement la viabilité des lignées de mélanome BRAF non-p.V600, NRAS et NF1 mutant

Fetched live from OpenAlex and de-inverted. Abstracts are not stored in this database: the inverted indexes are 8.6 GB of the frame’s 9.3 GB of text, and the host has 13 GB free.

How this classification was reachedexpand

Full frame machine prediction

Teacher imitation

Not calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.

metaresearch head score (Codex)0.000
metaresearch head score (Gemma)0.001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cValidation status: machine_predicted_unvalidated
Candidate categoriesnone
Consensus categoriesnone
DomainCandidate signal: none · Consensus signal: none
Study designCandidate signal: Bench or experimental · Consensus signal: none
GenreCandidate signal: Empirical · Consensus signal: Empirical
Teacher disagreement score0.002
Threshold uncertainty score0.006

Distilled classifier scores by category (both heads)

CategoryCodexGemma
Metaresearch0.0000.001
Meta-epidemiology (narrow)0.0000.000
Meta-epidemiology (broad)0.0000.000
Bibliometrics0.0010.001
Science and technology studies0.0000.000
Scholarly communication0.0000.000
Open science0.0000.000
Research integrity0.0000.000
Insufficient payload (model declined to judge)0.0020.000

Machine scores (provisional)

The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.

Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.

Opus teacher head0.014
GPT teacher head0.248
Teacher spread0.233 · how far apart the two teachers sit on this one work
Validation statusscore_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from it

Classification

machine, unvalidated

Machine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.

The models applied no category: nothing in the taxonomy fit this work.
Study designBench or experimental
Domainnot available
GenreEmpirical

How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".

Quick stats

Citations0
Published2022
Admission routes1
Has abstractyes

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