Abnormal placental DNA methylation and gene expression associated with assisted reproduction: early detection and effect of folic acid supplementation
Bibliographic record
Abstract
Au Canada, une proportion croissante de couples recours aux techniques de reproduction assistée (TRA) pour concevoir. Cependant, on signale une incidence plus élevée de conséquences périnatales incluant des malformations congénitales et des troubles de croissance et de l'empreinte génomique, souvent associés à des perturbations de la méthylation de l'ADN. En effet, les périodes de développement des cellules germinales et de l'embryon coïncident avec des vagues dynamiques de méthylation de l'ADN et sont particulièrement sensibles aux TRA. Pour établir et maintenir des profils de méthylation de l'ADN appropriés, les donneurs de groupes méthyle tels que l’acide folique sont essentiels. En utilisant un modèle murin de TRA, nous avons émis l'hypothèse que les TRA perturbent la méthylation de l'ADN et l'expression des gènes au cours du développement précoce du placenta, entraînant les défauts placentaires observés à la fin de la gestation. De plus, nous avons postulé qu'une supplémentation en acide folique pourrait corriger ces défauts. Pour tester cette hypothèse, des souris femelles non-consanguines ont été placées sous l'un des trois régimes supplémentés en acide folique pendant six semaines : soit un régime de contrôle (CD ; 2 mg d'acide folique/kg), un régime supplémenté 4 fois en acide folique (FAS4 ; 8 mg d'acide folique/kg) ou un régime supplémenté 10 fois en acide folique (FAS10 ; 20 mg d'acide folique/kg). Les souris ont ensuite été soumises à des TRA similaires à celles utilisées chez l'homme, soit une combinaison de superovulation, de fécondation in vitro, de culture embryonnaire et de transfert de blastocystes. Les régimes alimentaires ont été poursuivis tout au long de la gestation jusqu'à la collecte des embryons et des placentas à mi-gestation. Après avoir effectué un séquençage de l'ARN sur des placentas d'embryons E10.5, nous avons trouvé 41 et 28 gènes exprimés de manière différentielle (DEG) dans les placentas d’embryons femelles et mâles, respectivement. De nombreux DEGs étaient impliqués dans le développement du placenta, l'angiogenèse et la spermatogenèse alors que certains DEGs étaient regroupés dans des régions d'empreinte génomique connues. Chez les deux sexes, FAS4 a partiellement corrigé la majorité des DEGs tandis que FAS10 a exacerbé l'expression différentielle, particulièrement dans les placentas d’embryons mâles. En utilisant la technique PCR digitale en gouttelettes sur les placentas collectés à mi-gestation, nous avons validé l'expression génétique de 5 DEGs impliqués dans le développement précoce du placenta, soit Phlda2, EphB2, Igf2, Peg3 et L3mbtl1. En outre, l'expression de ces gènes a été évaluée dans deux autres groupes : les placentas d'embryons anormaux et ceux présentant un retard embryonnaire. Notamment, l'expression des gènes Phlda2 et Igf2 était plus faible dans les placentas de femelles retardées par rapport aux placentas de femelles E10.5 et anormales. Puisque les gènes soumis à l’empreinte parentale dépendent de la méthylation de l'ADN, nous avons utilisé une technique de pyroséquençage pour évaluer la méthylation de l'ADN au niveau de l‘ICR Kcnq1ot1 qui contrôle l'expression du gène à empreinte Phlda2. Chez les deux sexes, nous avons observé une corrélation positive entre l'expression de Phlda2 et la méthylation de l'ADN du Kcnq1ot1 ICR. Les TRA ont été associés à des défauts d'empreinte spécifiques au sexe dans les tissus placentaires et FAS4, mais pas FAS10, a apporté une correction partielle des niveaux de méthylation dans les placentas E10.5. De plus, la supplémentation en acide folique a diminué la variance de la méthylation dans les placentas femelles uniquement. Dans l'ensemble, les TRA ont perturbé l'expression de gènes clés impliqués dans le développement et la fonction précoces du placenta. En utilisant un modèle de TRA chez la souris, une supplémentation en acide folique à dose modérée, mais non à forte dose, semble plus bénéfique pour les grossesses conçues par TRA
Fetched live from OpenAlex and de-inverted. Abstracts are not stored in this database: the inverted indexes are 8.6 GB of the frame’s 9.3 GB of text, and the host has 13 GB free.
How this classification was reachedexpand
Full frame machine prediction
Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.
Distilled classifier scores by category (both heads)
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.000 | 0.001 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.000 | 0.000 |
| Bibliometrics | 0.001 | 0.001 |
| Science and technology studies | 0.000 | 0.000 |
| Scholarly communication | 0.000 | 0.000 |
| Open science | 0.000 | 0.000 |
| Research integrity | 0.000 | 0.000 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.002 | 0.000 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from itClassification
machine, unvalidatedMachine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.
How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".