MétaCan
Menu
← Back to cohort
Record W7162031722 · doi:10.82308/46313

Abnormal placental DNA methylation and gene expression associated with assisted reproduction: early detection and effect of folic acid supplementation

2022· dissertation· en· W7162031722 on OpenAlexaboutno aff
Rita Gloria Ihirwe

Bibliographic record

Venuenot available
Typedissertation
Languageen
FieldMedicine
TopicPrenatal Screening and Diagnostics
Canadian institutionsnot available
Fundersnot available
KeywordsFolic acidChromosome abnormalityGeneGene expression

Abstract

fetched live from OpenAlex

Au Canada, une proportion croissante de couples recours aux techniques de reproduction assistée (TRA) pour concevoir. Cependant, on signale une incidence plus élevée de conséquences périnatales incluant des malformations congénitales et des troubles de croissance et de l'empreinte génomique, souvent associés à des perturbations de la méthylation de l'ADN. En effet, les périodes de développement des cellules germinales et de l'embryon coïncident avec des vagues dynamiques de méthylation de l'ADN et sont particulièrement sensibles aux TRA. Pour établir et maintenir des profils de méthylation de l'ADN appropriés, les donneurs de groupes méthyle tels que l’acide folique sont essentiels. En utilisant un modèle murin de TRA, nous avons émis l'hypothèse que les TRA perturbent la méthylation de l'ADN et l'expression des gènes au cours du développement précoce du placenta, entraînant les défauts placentaires observés à la fin de la gestation. De plus, nous avons postulé qu'une supplémentation en acide folique pourrait corriger ces défauts. Pour tester cette hypothèse, des souris femelles non-consanguines ont été placées sous l'un des trois régimes supplémentés en acide folique pendant six semaines : soit un régime de contrôle (CD ; 2 mg d'acide folique/kg), un régime supplémenté 4 fois en acide folique (FAS4 ; 8 mg d'acide folique/kg) ou un régime supplémenté 10 fois en acide folique (FAS10 ; 20 mg d'acide folique/kg). Les souris ont ensuite été soumises à des TRA similaires à celles utilisées chez l'homme, soit une combinaison de superovulation, de fécondation in vitro, de culture embryonnaire et de transfert de blastocystes. Les régimes alimentaires ont été poursuivis tout au long de la gestation jusqu'à la collecte des embryons et des placentas à mi-gestation. Après avoir effectué un séquençage de l'ARN sur des placentas d'embryons E10.5, nous avons trouvé 41 et 28 gènes exprimés de manière différentielle (DEG) dans les placentas d’embryons femelles et mâles, respectivement. De nombreux DEGs étaient impliqués dans le développement du placenta, l'angiogenèse et la spermatogenèse alors que certains DEGs étaient regroupés dans des régions d'empreinte génomique connues. Chez les deux sexes, FAS4 a partiellement corrigé la majorité des DEGs tandis que FAS10 a exacerbé l'expression différentielle, particulièrement dans les placentas d’embryons mâles. En utilisant la technique PCR digitale en gouttelettes sur les placentas collectés à mi-gestation, nous avons validé l'expression génétique de 5 DEGs impliqués dans le développement précoce du placenta, soit Phlda2, EphB2, Igf2, Peg3 et L3mbtl1. En outre, l'expression de ces gènes a été évaluée dans deux autres groupes : les placentas d'embryons anormaux et ceux présentant un retard embryonnaire. Notamment, l'expression des gènes Phlda2 et Igf2 était plus faible dans les placentas de femelles retardées par rapport aux placentas de femelles E10.5 et anormales. Puisque les gènes soumis à l’empreinte parentale dépendent de la méthylation de l'ADN, nous avons utilisé une technique de pyroséquençage pour évaluer la méthylation de l'ADN au niveau de l‘ICR Kcnq1ot1 qui contrôle l'expression du gène à empreinte Phlda2. Chez les deux sexes, nous avons observé une corrélation positive entre l'expression de Phlda2 et la méthylation de l'ADN du Kcnq1ot1 ICR. Les TRA ont été associés à des défauts d'empreinte spécifiques au sexe dans les tissus placentaires et FAS4, mais pas FAS10, a apporté une correction partielle des niveaux de méthylation dans les placentas E10.5. De plus, la supplémentation en acide folique a diminué la variance de la méthylation dans les placentas femelles uniquement. Dans l'ensemble, les TRA ont perturbé l'expression de gènes clés impliqués dans le développement et la fonction précoces du placenta. En utilisant un modèle de TRA chez la souris, une supplémentation en acide folique à dose modérée, mais non à forte dose, semble plus bénéfique pour les grossesses conçues par TRA

Fetched live from OpenAlex and de-inverted. Abstracts are not stored in this database: the inverted indexes are 8.6 GB of the frame’s 9.3 GB of text, and the host has 13 GB free.

How this classification was reachedexpand

Full frame machine prediction

Teacher imitation

Not calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.

metaresearch head score (Codex)0.000
metaresearch head score (Gemma)0.001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cValidation status: machine_predicted_unvalidated
Candidate categoriesnone
Consensus categoriesnone
DomainCandidate signal: none · Consensus signal: none
Study designCandidate signal: Observational · Consensus signal: Observational
GenreCandidate signal: Empirical · Consensus signal: Empirical
Teacher disagreement score0.545
Threshold uncertainty score0.916

Distilled classifier scores by category (both heads)

CategoryCodexGemma
Metaresearch0.0000.001
Meta-epidemiology (narrow)0.0000.000
Meta-epidemiology (broad)0.0000.000
Bibliometrics0.0010.001
Science and technology studies0.0000.000
Scholarly communication0.0000.000
Open science0.0000.000
Research integrity0.0000.000
Insufficient payload (model declined to judge)0.0020.000

Machine scores (provisional)

The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.

Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.

Opus teacher head0.009
GPT teacher head0.272
Teacher spread0.263 · how far apart the two teachers sit on this one work
Validation statusscore_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from it

Classification

machine, unvalidated

Machine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.

The models applied no category: nothing in the taxonomy fit this work.
Study designObservational
Domainnot available
GenreEmpirical

How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".

Quick stats

Citations0
Published2022
Admission routes1
Has abstractyes

Explore more

Same topicPrenatal Screening and Diagnostics→French-language works237,207→