MOLECULAR DETECTION OF SALMONELLA AND E. COLI MICROORGANISMS AMONG DAIRY FARMS WITH DETECTION OF VIRULENCE AND ANTIBIOTICS RESISTANCE GENES
Notice bibliographique
Résumé
A total of 500 samples, 100 of each milk, feed, swabs from milking equipment (milk tanks), drinking tanks swabs and dairy cows fecal swabs samples were collected from different small herds of apparently or subclinical dairy cattle in El-Kabotti and Bahr El-Baker zone at Port-Said Governorates during the period from September to December 2018. The samples were examined for isolation and identification of Salmonella species and E. coli with studied of their virulence and resistance gens and sequence of some genes. The results revealed that Salmonella species and E. coli could be detected in a percentage of 1.8% and 2.8% respectively from the examined samples. Salmonella isolates from the examined samples were identified biochemically and serological as S. Typhimurium S. Entiriditis and S. saintipaul with a percentage of 66.67% (6/9), 2.22% (2/9) and 11.11% (1/9) respectively, while that of E. coli were O26 (5/14), O119 (2/14), O125 (4/14), O126 (1/14) and O127 (2/14) with a percentage of 35.71%, 14.28%, 28.60%, 7.14% and 14.28% respectively. The isolated strains of Salmonella species (n=9) and E. coli stains (N=14) were investigated for antibiotic susceptibility profile to 10 antibacterial agents by disc diffusion method. The resistances of the isolated Salmonella and E. coli strains were ranged from a various degree of resistances to complete resistances (100%). By using conventional PCR, all Salmonella were harbored InvA, stn and bcfC genes while E. coli were harbored PhoA, TraT and fimH genes. The resistance genes that detected in Salmonella strains were ampC, mphA and aacC while that of E. coli were bltEm, ampC, mphA, Aada1 and aacC. The prevalence of the resistance genes were discussed. DNA sequencing of stn and bcfC genes for Salmonella and TraT and fimH genes for E. coli were discussed and compared with other strains in Gen Bank. The mutations in quinolone-resistance gene were studied by determining regions of the gyrA gene for Salmonella and E. coli. The public health hazards of these microorganisms as well as recommended measures to improve hygiene measures in dairy farms were discussed.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».